Năm 1942, khi ông vẫn đang học tại Đại học Waseda, Ueshiba Morihei (người quyết định nghỉ hưu ở Iwama) đã chỉ định ông là người đứng đầu của Kobukan Dojo ở Shinjuku, Tokyo.[1] Ông đã cứu dojo võ đường khỏi những vụ hỏa hoạn do ném bom nhiều lần trong Chiến tranh thế giới thứ hai.[1] Ueshiba tốt nghiệp với bằng cử nhân kinh tế năm 1946.[1]

Nói về khoảng thời gian sau Chiến tranh thế giới thứ hai, Ueshiba Moriteru nói, "không có nhiều hoạt động tại Hombu Dojo. Trong một thời gian, cha tôi [Kisshomaru Ueshiba] thay vào đó thực sự đã ở Iwama... bắt đầu vào khoảng năm 1949, ông đã làm việc khoảng bảy năm ở một công ty có tên Osaka Shoji. Ông không có lựa chọn nào khác. Ngay cả khi bạn có một dojo, bạn không thể kiếm sống được nếu không có ai tới luyện tập, đây phần lớn là lý do sau chiến tranh. Vì vậy, ông ấy nhận một công việc như một nhân viên công ty thông thường trong ngày và chỉ được dạy vào buổi sáng và buổi tối."[6]

Bắt đầu từ năm 1948, Ueshiba giám sát sự phát triển của tổ chức Aikikai Honbu (và cuối cùng là sự phá huỷ Kobukan Dojo vào năm 1967 để xây dựng trụ sở Aikikai).